2026年改定の管理薬剤師3年在籍要件とは？施設基準と転職・異動への影響

2026年度調剤報酬改定では、かかりつけ薬剤師に関する評価体系が見直され、薬局側の施設基準として在籍期間に関する要件が追加されました。

その中で注目されやすいのが、管理薬剤師が当該保険薬局に継続して3年以上在籍していることという基準です。

ただし、この3年は、管理薬剤師として3年以上働いた経験を持つ人が転職すると、転職先の薬局でもすぐ施設基準を満たせるという意味ではありません。

重要なのは、当該保険薬局での継続在籍期間だという点です。

私は調剤薬局チェーンで人事・採用に携わり、店舗異動や管理薬剤師配置を含む人員配置に関わってきました。法人全体で何年勤務しているか、現在の店舗に何年在籍しているか、管理薬剤師として何年経験しているかは、人事管理上もそれぞれ別の情報です。

2026年度改定後は、かかりつけ薬剤師に関する施設基準を届け出る薬局では、どの在籍期間要件を使って施設基準を満たしているのかを確認したうえで、異動や退職の影響を考える必要があります。

この記事では、管理薬剤師3年在籍要件を、薬剤師本人のキャリアと薬局側の施設基準に分けて整理します。

※本記事は2026年8月時点の厚生労働省・地方厚生局の公表資料をもとに整理しています。個別の届出可否や異動・休業期間の扱いは、実際の勤務状況や届出内容によって異なる場合があります。必要に応じて管轄の地方厚生局へ確認してください。

結論｜管理薬剤師の3年在籍は転職先へ持ち運べる資格ではない

最初に、最も誤解しやすい点を整理します。

2026年度改定で設けられた管理薬剤師の3年在籍に関する施設基準は、その人が過去に管理薬剤師を3年以上経験したかを見る基準ではありません。

見るのは、当該保険薬局の管理薬剤師が、その保険薬局に継続して3年以上在籍しているかです。

ケース	管理薬剤師3年ルートの考え方
現在の薬局で管理薬剤師が3年以上継続在籍	他の要件も含め、管理薬剤師3年ルートを満たし得る
現在の薬局で管理薬剤師が1年	管理薬剤師3年ルートは満たさない。別の在籍期間ルートを確認する
別の薬局で管理薬剤師を5年経験して転職	新しい薬局で管理薬剤師3年ルートを直ちに満たすわけではない
同じ法人の別店舗へ異動	法人勤続年数だけで判断せず、当該保険薬局での在籍期間を確認する

そのため、管理薬剤師として3年以上働いた経験そのものを、転職先が施設基準を即時に満たせる資格のように扱うのは正確ではありません。

2026年度改定で追加された薬局側の在籍期間要件

2026年度改定では、かかりつけ薬剤師に関する薬局側の施設基準として、在籍期間に関する基準が設けられています。

ポイントは、管理薬剤師3年以上だけが唯一の方法ではないことです。

薬局側では、在籍期間について大きく次の2つのルートのいずれかを確認します。

在籍期間のルート	概要
薬剤師の平均在籍期間	当該保険薬局に勤務する常勤の保険薬剤師について、当該薬局での継続在籍期間が平均して1年以上
管理薬剤師の継続在籍	当該保険薬局の管理薬剤師が、その薬局に継続して3年以上在籍

厚生労働省の疑義解釈では、平均在籍期間1年以上を計算する際の在籍期間について、週31時間以上勤務した期間のみを通算するとされています。

厚生労働省｜令和8年度診療報酬改定 疑義解釈資料の送付について

したがって、管理薬剤師が当該薬局で3年未満だから、その薬局ではかかりつけ薬剤師に関する施設基準を満たせない、と直ちに判断することもできません。

平均在籍期間1年以上のルートを満たしている可能性があるためです。

薬剤師個人の3年経験と薬局側の3年在籍を混同しない

この制度が分かりにくい理由の一つは、薬剤師個人の要件にも3年という数字が出てくることです。

かかりつけ薬剤師として必要な指導等を行う保険薬剤師には、保険薬剤師として一定期間以上の薬局勤務経験、当該薬局での勤務時間・在籍期間、研修認定、地域活動への参画など、本人側の要件があります。

一方、今回の記事で扱っている管理薬剤師3年在籍は、薬局そのものが満たす施設基準側の在籍期間ルートです。

何を確認するか	対象	考え方
保険薬剤師としての勤務経験	薬剤師本人	本人がかかりつけ薬剤師として必要な要件を満たすか確認
本人の当該薬局での勤務・在籍	薬剤師本人	現在の薬局での勤務時間・在籍期間を確認
薬剤師の平均在籍期間	薬局	薬局側の施設基準ルートの一つ
管理薬剤師の当該薬局3年在籍	薬局	薬局側の施設基準ルートの一つ

会社の勤続年数、店舗の在籍年数、管理薬剤師としての経験年数も同じものではありません。

制度を確認するときは、何年働いたかだけではなく、どの薬局に、どの勤務条件で、どの期間在籍したのかまで分けて確認します。

令和8年度の保険調剤に関する取扱いは、地方厚生局の解説資料でも確認できます。

関東信越厚生局｜保険調剤の理解のために 令和8年度

薬剤師本人にも別の要件がある｜3年在籍だけ見ればよいわけではない

薬局側が在籍期間の施設基準を満たしていても、それだけで誰でもかかりつけ薬剤師として必要な指導等を行えるわけではありません。

薬剤師本人についても、保険薬剤師としての薬局勤務経験、現在の薬局での勤務時間・在籍期間、研修認定、地域活動への参画などの要件を確認します。

2026年度改定では、勤務時間について週31時間以上を基本とする取扱いとなっており、育児・介護等に伴う短時間勤務には別の取扱いがあります。また、現在の保険薬局で一定期間継続して在籍していることも本人側の確認事項です。

ここで押さえたいのは、次の3つの年数・期間を混ぜないことです。

• 保険薬剤師としての薬局勤務経験：薬剤師本人の経験要件
• 現在の薬局での本人の在籍期間：薬剤師本人の現在勤務先での要件
• 管理薬剤師が当該薬局に3年以上継続在籍：薬局側の施設基準ルート

例えば、管理薬剤師本人がその店舗に3年以上在籍していても、研修認定など本人側の他要件を満たす薬剤師がいなければ、在籍期間だけで必要な体制がすべて整うわけではありません。

反対に、管理薬剤師が3年未満でも、薬局側が平均在籍期間1年以上のルートを満たし、本人要件を満たす薬剤師が配置されていれば、管理薬剤師3年という一項目だけで判断することはできません。

施設基準を確認するときは、薬局側の要件と薬剤師本人側の要件をチェックリスト上でも分けることが重要です。

別の薬局で3年以上管理薬剤師をしていても新薬局の3年にはならない

転職を考えている管理薬剤師にとって、ここが最も重要なポイントです。

例えば、A薬局で5年間管理薬剤師を経験した人がB薬局へ転職し、B薬局の管理薬剤師へ就任したとします。

A薬局での5年間は、その人の職務経験としては重要です。しかし、B薬局における管理薬剤師3年在籍ルートについては、A薬局での在籍期間をそのままB薬局へ移せるわけではありません。

施設基準が見ているのは、B薬局という当該保険薬局で管理薬剤師が継続して在籍している期間だからです。

このため、転職先が管理薬剤師を募集しているからといって、過去の管理薬剤師経験がその薬局の施設基準を即時に満たす、と説明された場合は、どの施設基準を指しているのか確認した方がよいでしょう。

同じ会社の別店舗へ異動するときも店舗在籍年数を確認する

調剤薬局チェーンでは、同じ法人に在籍したまま店舗だけ異動することがあります。

この場合、会社としての勤続年数は継続します。しかし、施設基準では当該保険薬局での継続在籍期間が問題になります。

したがって、法人勤続10年だから異動先でも10年在籍と考えるのではなく、異動先となる保険薬局でどのように在籍期間を扱うのかを確認する必要があります。

私が人事側で店舗配置を考えていたときも、法人全体の勤続年数と店舗配置歴は別に管理していました。2026年度改定後は、かかりつけ薬剤師に関する施設基準を届け出る薬局で異動を行う場合、候補者の能力や本人希望だけでなく、異動前後の店舗がどの施設基準ルートを満たしているのかも確認事項になります。

これは、薬剤師を異動させてはいけないという意味ではありません。

異動によって施設基準へ影響が生じるかを事前に確認する必要があるということです。

在籍期間の要件だけ満たせば届出できるわけではない

この記事では在籍期間を中心に扱っていますが、かかりつけ薬剤師に関する薬局の施設基準は在籍期間だけではありません。

患者のプライバシーへ配慮した相談・指導を行える設備など、他の施設基準も確認する必要があります。また、実際に業務を行う薬剤師本人にも必要な要件があります。

したがって、管理薬剤師が3年以上いる、または薬剤師の平均在籍期間が1年以上だから、自動的にすべての施設基準を満たすという意味ではありません。

薬局側で届出を行う場合は、最新の告示・通知・届出様式を用いて要件全体を確認します。制度改定直後は疑義解釈や通知の訂正が追加されることもあるため、古い解説記事だけで判断しないことが重要です。

管理薬剤師が退職・異動すると薬局側で何を確認する？

管理薬剤師が当該薬局に3年以上在籍している場合、その人が退職・異動すると必ず施設基準を失う、とも限りません。

先ほどのとおり、薬局側には平均在籍期間1年以上という別ルートがあるためです。

人員変更がある場合は、少なくとも次の順番で確認します。

1. 現在、どちらの在籍期間ルートで施設基準を満たしているか
2. 管理薬剤師の退職・異動後も平均在籍期間1年以上を満たすか
3. 平均在籍期間の計算対象となる薬剤師と勤務時間を確認する
4. 新しい管理薬剤師の配置後に必要な届出・変更届があるか確認する
5. かかりつけ薬剤師として必要な本人要件を満たす薬剤師が引き続き配置されているか確認する

一つの数字だけで判断せず、薬局全体の届出状況を確認することが重要です。

大手チェーンが一律に不利になる改定ではない

管理薬剤師が同じ薬局に3年以上在籍するという要件だけを見ると、店舗異動のある大手チェーンは不利に見えるかもしれません。

しかし、制度には平均在籍期間1年以上という別ルートがあります。

そのため、

• 大手チェーンは施設基準を満たせない
• 店舗異動を行う企業は不利になる
• 固定スタッフ中心の中小薬局なら必ず有利になる

といった結論を制度だけから導くことはできません。

企業規模より重要なのは、各薬局で対象薬剤師がどの程度継続勤務しているか、その企業が在籍期間を把握して配置を管理できているかです。

店舗異動の多い企業では配置管理が複雑になる可能性があります。一方で、複数の薬剤師が長く勤務している店舗なら、管理薬剤師3年ルートに依存せず施設基準を満たすことも考えられます。

3年在籍要件で管理薬剤師の年収が上がるとは断定できない

管理薬剤師3年在籍要件が追加されたから、3年以上の管理薬剤師経験者の年収が一律に上がる、と考えるのも避けた方がよいでしょう。

最新の第25回医療経済実態調査では、法人の保険薬局における前年（度）の平均給料年額と賞与の合計は、管理薬剤師が7,261,788円、薬剤師が4,802,997円でした。

厚生労働省｜第25回医療経済実態調査 医療機関等調査報告

ただし、この数字は管理薬剤師求人の転職市場相場ではありません。

また、管理薬剤師と薬剤師の平均額の差を、そのまま管理薬剤師手当や役職就任による昇給額とみなすこともできません。年齢、経験、勤務先、役職構成などが異なる集団の平均値だからです。

さらに、この調査から2026年度改定の3年在籍要件によって管理薬剤師の給与が上昇したとは判断できません。

したがって、管理薬剤師としての給与を考える場合は、3年在籍実績だけではなく、担当業務、店舗規模、勤務時間、役職手当、管理範囲、地域の採用状況など、実際の労働条件で確認します。

転職・異動前に管理薬剤師が確認したい7項目

3年在籍要件を知ったから転職を急ぐ、または転職を避ける必要はありません。

現在の職場や応募先について、次の項目を確認すると制度とキャリアを分けて判断しやすくなります。

1. 管理薬剤師への就任予定：入社直後か、将来の候補なのか
2. 店舗異動の可能性：異動の有無、頻度、対象地域
3. 管理薬剤師の職務範囲：人員管理、医薬品管理、行政対応、店舗運営など
4. 役職手当と給与条件：管理薬剤師就任前後で何が変わるか
5. かかりつけ薬剤師業務の体制：研修認定、地域活動、患者対応を勤務時間内で行えるか
6. 施設基準の管理方法：在籍期間をどのように把握しているか
7. 異動時の役割変更：管理薬剤師を外れる場合の給与・職務の扱い

労働条件は、最終的には求人票や面接時の説明だけでなく、労働条件通知書等で確認します。

関連記事：薬剤師が面接で確認したい労働条件と職場選びのポイント

現在の立場別｜3年在籍要件をどう確認するか

同じ制度でも、現在の立場によって確認すべき内容は変わります。

現在の薬局で管理薬剤師をしている場合

まず、自分が何年在籍しているかだけでなく、薬局が現在どちらの在籍期間ルートで施設基準を満たしているのかを確認します。

• 管理薬剤師3年ルートを使っているのか
• 薬剤師の平均在籍期間1年以上ルートを使っているのか
• 自分が異動・退職した場合にもう一方のルートを満たすのか

自分が3年以上在籍しているから退職できない、という制度ではありません。人員変更後も施設基準を満たすかどうかは、薬局側が確認して必要な届出対応を行う事項です。

同一法人内で店舗異動を予定している場合

異動前店舗と異動後店舗について、それぞれの薬剤師配置と在籍期間を確認します。

特に、本人の法人勤続年数が長い場合でも、異動後の店舗での在籍期間とは分けて管理します。異動後にかかりつけ薬剤師として必要な業務を担当する予定なら、本人側の要件も改めて確認します。

転職して管理薬剤師になる予定の場合

応募先から管理薬剤師経験を評価されたとしても、その評価と診療報酬上の3年在籍施設基準は別です。

面接では、3年在籍要件を満たせる人材として採用するといった抽象的な説明だけでなく、次のように具体化して確認します。

• 入社後すぐ管理薬剤師へ就任するのか
• 配属予定店舗はどの施設基準ルートで届出しているのか
• 店舗異動の予定・可能性はあるのか
• 管理薬剤師就任に伴う職務・手当は何か
• かかりつけ薬剤師業務に必要な研修・地域活動をどう支援しているか

制度上の3年と、会社が採用上評価する管理薬剤師経験を同じものとして扱わないことがポイントです。

3年在籍要件だけで職場の良し悪しを判断しない

管理薬剤師が長く在籍していることは、施設基準上の一つの条件にはなります。

しかし、管理薬剤師が3年以上勤務しているから働きやすい薬局、管理薬剤師の交代があったから問題のある薬局、と判断することはできません。

退職や異動には、本人の家庭事情、昇進、法人内の配置転換、店舗統合などさまざまな理由があります。

職場を評価するときは、勤務時間、休日、人員体制、残業、異動範囲、教育体制、仕事内容、労働条件などを組み合わせて確認します。

関連記事：ブラック薬局の見分け方｜求人票・面接・職場見学で確認するポイント

元人事部長として見る人員配置への影響

人事側から見ると、今回の在籍期間要件で重要なのは、管理薬剤師を固定しなければならないということではありません。

各店舗がどの要件で施設基準を満たしているのかを、人員配置と一緒に管理する必要性が高まったことです。

例えば、管理薬剤師が3年以上在籍しているため施設基準を満たしていると思っていても、異動後に平均在籍期間1年以上のルートを満たしていれば、在籍期間要件そのものは別ルートで確認できます。

反対に、管理薬剤師を異動させた結果、もう一方のルートも満たさないのであれば、届出や運用への影響を確認しなければなりません。

このため、現場責任者だけで配置を決めるのではなく、人事・運営部門と施設基準を管理する部門が情報を共有することが重要になります。

薬剤師本人にとっても、3年在籍を自分の転職価値へ単純に置き換えるより、自分がどの店舗でどの役割を担い、異動した場合に仕事内容や待遇がどう変わるのかを確認する方が実務的です。

まとめ｜3年以上の管理薬剤師経験と当該薬局3年在籍は別物

2026年度調剤報酬改定で追加された管理薬剤師3年在籍要件は、管理薬剤師経験者が転職先へ持ち運べる資格ではありません。

• 管理薬剤師3年は当該保険薬局での継続在籍を見る
• 薬局側には薬剤師の平均在籍期間1年以上という別ルートもある
• 個人の薬局勤務経験要件と薬局側の施設基準を分ける
• 別薬局での管理薬剤師経験を新薬局の3年へそのまま移すことはできない
• 同一法人内の店舗異動でも当該保険薬局での在籍期間を確認する
• 大手・中小の優劣や年収上昇を制度だけから断定しない

今回の改定をキャリアに生かすなら、3年勤続すれば市場価値が上がると考えるのではなく、勤務先の施設基準、店舗異動、管理薬剤師としての職務、給与条件をそれぞれ分けて確認することが重要です。

FAQ

管理薬剤師が今の薬局で3年未満だと、かかりつけ薬剤師に関する施設基準を満たせませんか？

管理薬剤師3年ルートだけを見れば満たしませんが、薬局側には、対象となる保険薬剤師の当該薬局での継続在籍期間が平均1年以上という別ルートがあります。そのため、管理薬剤師が3年未満という事実だけで施設基準を満たさないとは判断できません。

別の薬局で管理薬剤師を3年以上していました。転職先でも3年要件をすぐ満たせますか？

転職前の薬局での管理薬剤師経験を、新しい薬局における管理薬剤師3年の継続在籍としてそのまま扱う制度ではありません。施設基準は当該保険薬局での継続在籍を確認します。過去の管理薬剤師経験は職務経験としては重要ですが、施設基準の在籍期間とは分けて考えます。

同じ会社の別店舗へ異動した場合、3年の在籍期間は引き継がれますか？

法人全体の勤続年数と、当該保険薬局での継続在籍期間は同じではありません。施設基準では当該保険薬局での在籍を確認するため、店舗異動がある場合は異動先の施設基準を個別に確認してください。休業や勤務時間など個別の取扱いもあるため、必要に応じて地方厚生局へ確認します。

2026年改定で大手チェーン薬局は不利になりますか？

企業規模だけでは判断できません。管理薬剤師3年以上のほかに、対象となる保険薬剤師の平均在籍期間1年以上というルートがあります。店舗異動が多い企業では在籍期間管理が複雑になる可能性はありますが、大手だから施設基準を満たせない、中小だから必ず有利とはいえません。

管理薬剤師3年在籍要件ができたので年収は上がりますか？

制度改定だけを根拠に年収上昇を断定することはできません。管理薬剤師の給与は役割、地域、勤務先、管理範囲、勤務時間、手当などによって異なります。第25回医療経済実態調査には管理薬剤師と薬剤師の平均給与等が掲載されていますが、転職市場の提示年収や3年在籍要件による昇給額を示す統計ではありません。

管理薬剤師が退職したら施設基準を満たせなくなりますか？

必ずそうなるとは限りません。管理薬剤師3年ルートを使えなくなっても、平均在籍期間1年以上のルートを満たしている可能性があります。管理薬剤師の変更時には、薬局全体の薬剤師配置、勤務時間、在籍期間、届出内容をまとめて確認する必要があります。