管理薬剤師の年収はいくら？公的データと手当・責任・残業代を元人事部長が解説

管理薬剤師になれば、年収はどれくらい上がるのか。

管理薬剤師への昇格を打診されたとき、仕事内容や責任と同じくらい気になるのが給与ではないでしょうか。

結論からいうと、管理薬剤師の給与水準を確認できる公的データはありますが、管理薬剤師になると一律で年収○万円上がると示せる全国共通の相場はありません。

厚生労働省の第25回医療経済実態調査では、法人の保険薬局に勤務する管理薬剤師の2024年度（令和6年度）の平均給料計は約726.2万円、中央値は約668.1万円でした。一方、同じ調査の薬剤師は平均約480.3万円、中央値約492.6万円です。厚生労働省「第25回医療経済実態調査の概要」

ただし、この差をそのまま管理薬剤師へ昇格すると約246万円年収が増えると解釈してはいけません。管理薬剤師と一般の薬剤師では、年齢、勤続年数、役割、勤務先、労働時間などの構成が異なるためです。

この記事では、最新の公的統計と法令を確認したうえで、調剤薬局チェーンで人事を担当してきた経験も分けて示しながら、管理薬剤師の年収と役割をどう考えればよいのかを整理します。

※制度・統計情報は2026年8月8日時点で確認しています。個別の給与条件や労働時間の取扱いは、雇用契約・就業規則・実際の勤務実態等によって異なります。

管理薬剤師の年収はいくら？最新の公的データを確認

管理薬剤師の給与を考えるとき、まず参考になるのが厚生労働省の医療経済実態調査です。

この調査は、病院・診療所・歯科診療所・保険薬局の経営状況や給与等を把握し、診療報酬改定の基礎資料とするために2年に1回実施されています。厚生労働省「医療経済実態調査（医療機関等調査）」

2025年に実施された第25回調査の法人保険薬局について、2024年度の給与データを見ると次のとおりです。

区分	平均給料計	中央値
管理薬剤師	7,261,788円	6,680,625円
薬剤師	4,802,997円	4,926,026円
事務職員	2,720,204円	2,872,021円

出典：厚生労働省「第25回医療経済実態調査の概要」

検索上は平均年収と表現されることもありますが、厚生労働省資料の項目名は平均給料計です。本記事では公的資料の表現を優先します。

管理薬剤師の中央値も見ておく

平均値だけでなく中央値を見ることも大切です。

第25回調査では、法人保険薬局の管理薬剤師の平均給料計が約726.2万円であるのに対し、中央値は約668.1万円でした。

平均値は一部の高い給与に影響されることがあります。個人の給与条件を考えるときは、平均726万円だから自分もその程度が妥当だと単純に考えるのではなく、中央値や自社の給与制度、役割、勤務地なども合わせて見る必要があります。

一般薬剤師との差は昇格による上乗せ額ではない

同じ調査では、管理薬剤師と薬剤師の平均給料計には大きな差があります。

しかし、これは同じ薬剤師が管理薬剤師へ昇格する前後を比較したデータではありません。

管理薬剤師は、一般の勤務薬剤師より勤続年数や年齢が高い可能性があります。会社によっては管理薬剤師になる前に一定の経験年数を求めることもあります。役職手当だけでなく、基本給そのものが異なる場合もあります。

したがって、公的統計から読み取れるのは、法人保険薬局の集計では管理薬剤師の給与水準が高かったということまでです。管理薬剤師へ昇格すれば年収が○万円上がる、という因果関係までは示していません。

管理薬剤師手当に全国共通の相場はあるのか

管理薬剤師の給与を調べると、手当は月3万円、5万円以上が相場、ドラッグストアなら8万円といった情報を見かけることがあります。

しかし、管理薬剤師手当の金額について、全国の企業を横断した公的統計から標準は月○万円と断定できる資料は確認できません。

実際の給与設計は会社によって異なります。

• 管理薬剤師手当を別途支給する会社
• 職能給・役割給の中に管理薬剤師分を含める会社
• 管理薬剤師へ昇格すると給与等級自体が変わる会社
• 店舗規模や勤務地によって手当が異なる会社
• 管理薬剤師と薬局長を別の役割として処遇する会社

そのため、管理薬剤師手当だけを比べても、実際の待遇は分かりません。

たとえば管理薬剤師手当が高くても、基本給や賞与が低ければ総年収では逆転することがあります。逆に、手当という名称がなくても、役割給や等級変更によって総年収が上がる会社もあります。

管理薬剤師とは？薬機法上の役割を確認

給与が役割に見合っているかを考えるには、そもそも管理薬剤師がどのような立場なのかを確認しておく必要があります。

法律上は管理薬剤師という呼び方そのものより、薬局の管理者として規定されています。

医薬品医療機器等法（薬機法）第7条では、薬局開設者が薬剤師でない場合、その薬局で薬事に関する実務に従事する薬剤師の中から薬局の管理者を指定し、実地に管理させることとされています。また、管理者には必要な能力・経験が求められ、原則としてその薬局以外の場所で薬局管理その他の薬事に関する実務へ従事できないとされています。例外は所在地の都道府県知事の許可を受けた場合です。厚生労働省「医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律」第7条

同法第8条では、薬局の管理者について主に次の義務を定めています。

• 薬局に勤務する薬剤師その他の従業者を監督する
• 薬局の構造設備を管理する
• 医薬品その他の物品を管理する
• 薬局業務について必要な注意をする
• 保健衛生上支障を生ずるおそれがないよう、薬局開設者へ必要な意見を書面で述べる

参考：厚生労働省「医薬品医療機器等法」第8条

店舗運営のすべてが法律上の管理薬剤師業務ではない

ここも区別が必要です。

現場では管理薬剤師が、シフト作成、売上管理、人事評価、新人教育、クレーム対応、店舗会議、本部への報告などを担当することがあります。

しかし、これらすべてが薬機法第7条・第8条によって管理薬剤師に一律に義務付けられているわけではありません。会社が薬局長・店長などの店舗運営上の役割を管理薬剤師へ兼ねさせている場合があります。

したがって、管理薬剤師への昇格条件を見るときは、法令上の薬局管理業務と、会社独自のマネジメント業務を分けて確認することが大切です。

管理薬剤師だから残業代なしになるわけではない

管理薬剤師になる際に、特に確認したいのが残業代の取扱いです。

薬機法上の管理薬剤師になっただけで、労働基準法上の管理監督者になるわけではありません。

厚生労働省は、労働基準法第41条の管理監督者について、役職名ではなく実態で判断すると説明しています。主な判断要素は次の3点です。厚生労働省「管理監督者」

• 職務内容・責任・権限から、労務管理について経営者と一体的な立場にあるか
• 自己の出退勤を含む労働時間について裁量があるか
• 地位と権限にふさわしい賃金上の処遇があるか

したがって、会社の肩書が管理薬剤師・薬局長・店長であることだけを理由に、時間外・休日労働の割増賃金が当然に不要になるわけではありません。

一方、実際の職務・権限・勤務態様・待遇から労働基準法上の管理監督者に該当する場合は、労働時間・休憩・休日に関する規定の適用が除外されます。なお、管理監督者であっても深夜割増賃金や年次有給休暇に関する規定は適用除外されません。厚生労働省「時間外・休日労働と割増賃金」

管理薬剤師手当が固定残業代になっている場合の確認点

管理薬剤師手当、役職手当、職務手当などの名称で支給される金額に、固定残業代が含まれている場合もあります。

固定残業代そのものが直ちに違法というわけではありません。

厚生労働省は、固定残業代を採用する場合、通常の労働時間の賃金部分と固定残業代部分を区別できるようにし、固定残業代の金額・対象時間等を明らかにしたうえで、実際の割増賃金が固定残業代を上回る場合には差額を支払う必要があると説明しています。厚生労働省「固定残業代を支払うこととすれば、残業や休日勤務をさせても別途に残業代を支払わなくてよいでしょうか？」

求人票や労働条件通知書で固定残業代が設定されている場合は、少なくとも次を確認します。

• 固定残業代を除いた基本給はいくらか
• 固定残業代はいくらか
• 何時間分の時間外労働等を想定した金額か
• 固定時間を超えた場合に追加の割増賃金が支給されるか

募集時の労働条件についても、固定残業代を採用する場合はこうした事項の明示が求められています。厚生労働省「労働条件の明示」

2026年度の調剤ベースアップ評価料では管理薬剤師は対象外

2026年度調剤報酬改定との関係でも、管理薬剤師には一つ注意点があります。

2026年6月に新設された調剤ベースアップ評価料では、管理薬剤師は評価料収入を用いた賃金改善の対象職員に含まれません。厚生労働省の疑義解釈でも、管理薬剤師は対象とならないと明示されています。

ただし、これは管理薬剤師の給与を上げてはいけないという意味ではありません。勤務先が評価料とは別の自社原資を使って管理薬剤師の基本給や役職手当を見直すことは別の話です。

調剤ベースアップ評価料の対象職員・賃金改善ルールについては次の記事で詳しく整理しています。

関連記事：調剤ベースアップ評価料とは？2026年の対象職員・4点・賃上げルールを解説

管理薬剤師への昇格を打診されたら確認したい7項目

管理薬剤師を引き受けるかどうかは、手当の金額だけでは判断できません。

私が人事側で管理薬剤師の配置・役割を考えていた経験からは、少なくとも次の7項目を確認してから判断する方がよいと考えます。

1．昇格後の総年収はいくらになるか

管理薬剤師手当だけでなく、基本給、役割給、賞与、時間外手当等を含めて確認します。

特に、昇格によって残業代の取扱いが変わると説明された場合は、その根拠を確認する必要があります。

2．管理薬剤師と薬局長・店長を兼ねるのか

会社によって管理薬剤師と薬局長・店長の役割分担は異なります。

薬機法上の管理業務だけなのか、人事評価、シフト、売上・利益、採用、クレーム対応等まで担うのかで負担は大きく変わります。

3．どこまで権限を持つのか

責任を負う一方で、必要な人員配置や業務改善について何も決められないのであれば、役割を果たしにくくなります。

たとえば、スタッフへの指導、業務分担、勤務シフト、本部への改善提案などについて、どの程度の権限があるのかを確認します。

4．薬剤師・事務職員の人員体制はどうか

管理薬剤師の働きやすさは、店舗の人員体制に大きく左右されます。

人数だけでなく、欠員時の応援、休暇時の代替、繁忙時間帯の配置などを確認します。

5．一人薬剤師になる時間帯があるか

一人薬剤師の勤務そのものを一律に良い・悪いとは言えません。

ただし、管理業務と調剤業務を同時に担う場合、休憩、突発対応、有給休暇、研修参加などの運用が難しくなることがあります。どの時間帯に一人体制になるのか、休憩や欠勤時はどう対応するのかを具体的に確認した方がよいでしょう。

6．時間外・休日・オンコール等の負担はあるか

在宅対応、休日・夜間の連絡、棚卸し、会議など、通常の開局時間外に発生する業務があるかも確認します。

手当の額だけでなく、実際に必要となる労働時間まで含めて条件を見ることが大切です。

7．管理薬剤師を経験した後のキャリアはどうなるか

管理薬剤師を長く続けるのか、複数店舗を見るエリアマネージャー等へ進むのか、専門性を高める方向へ戻るのかは人によって異なります。

管理薬剤師経験が自動的に管理職昇進や年収アップを保証するわけではありません。自社でどのようなキャリアパスがあるのかを確認しておくと判断しやすくなります。

管理薬剤師とエリアマネージャー・SVなどの企業内管理職は別の役割です。管理職キャリアについては次の記事で整理しています。

関連記事：薬剤師のエリアマネージャー・SVとは？仕事内容・年収・向いている人を元人事部長が解説

管理薬剤師の条件を交渉するときの考え方

管理薬剤師への昇格を打診された場合、条件について確認・相談すること自体は不自然ではありません。

ただし、管理薬剤師の相場は月5万円だから5万円にしてほしい、といった裏付けのない全国相場を根拠にするのはおすすめしません。

それよりも、次のような自分が実際に担う役割を基準に話す方が整理しやすくなります。

• 管理薬剤師として新たに負う業務
• 薬局長・店長等を兼務するか
• 勤務時間や時間外対応がどう変わるか
• 人事評価や人員管理を担うか
• 現在の給与と昇格後の総年収の差
• 会社の給与規程・等級制度上の位置づけ

昇格の打診段階では、役割を理解したうえで判断したいので昇格後の職務範囲と給与条件を確認したい、と伝える形で十分です。

転職時の年収交渉については、タイミングや相場の確認方法を別の記事で整理しています。

関連記事：薬剤師の年収交渉はいつする？元人事部長がタイミング・相場の見方を解説

今の職場で管理薬剤師になるか迷ったときの考え方

管理薬剤師になることは、すべての薬剤師にとって正解でも、不正解でもありません。

判断するときは、まず次の3つを分けて考えると整理しやすくなります。

年収・待遇

昇格によって総年収がどの程度変わるのか。残業代や賞与を含めて条件を確認します。

仕事内容・負担

薬機法上の管理に加え、店舗マネジメントをどこまで担うのか。人員体制や時間外対応も確認します。

今後のキャリア

店舗運営を経験したいのか、将来的に複数店舗のマネジメントへ進みたいのか、それとも臨床・在宅・専門領域を深めたいのかを考えます。

条件に不満がある場合でも、すぐに転職だけを選ぶ必要はありません。

• 昇格条件について上司・人事へ確認する
• 役割や人員体制の調整を相談する
• 今回は昇格を見送る
• 他社の求人・給与制度を情報収集する
• 条件を比較したうえで転職を検討する

といった複数の選択肢があります。

今の職場に残るか、役割を変えるか、情報収集するか、転職するかを整理したい場合は次の記事も参考にしてください。

関連記事：薬剤師のキャリアの軸が見つからないときは？元人事部長が自己分析の4ステップを解説

まとめ｜管理薬剤師の年収は平均額だけで判断しない

第25回医療経済実態調査では、法人保険薬局の管理薬剤師について、2024年度の平均給料計は約726.2万円、中央値は約668.1万円でした。

一方、この数字は管理薬剤師へ昇格すると年収が726万円になることや、一般薬剤師から約246万円上がることを意味しません。

• 管理薬剤師手当の全国共通相場は公的統計から断定できない
• 手当だけでなく基本給・賞与・残業代等を含めて比較する
• 薬機法上の管理薬剤師と会社の薬局長・店長は区別する
• 管理薬剤師だから自動的に労基法上の管理監督者になるわけではない
• 固定残業代がある場合は金額・時間数・超過分の支払方法を確認する
• 2026年度の調剤ベースアップ評価料では管理薬剤師は対象外だが、会社独自の昇給とは別問題
• 昇格判断では給与だけでなく責任・権限・業務量・人員体制・今後のキャリアを見る

管理薬剤師になるかどうかを考えるときは、平均年収より高いか低いかだけではなく、自分が担う役割に対して、どのような権限・支援体制・処遇が用意されているのかまで確認することが大切です。

参考にした公的資料

• 厚生労働省「第25回医療経済実態調査の概要」
• 厚生労働省「医療経済実態調査（医療機関等調査）」
• 厚生労働省「医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律」第7条・第8条
• 厚生労働省「管理監督者」
• 厚生労働省「時間外・休日労働と割増賃金」
• 厚生労働省「固定残業代を支払うこととすれば、残業や休日勤務をさせても別途に残業代を支払わなくてよいでしょうか？」
• 厚生労働省「令和8年度診療報酬改定におけるベースアップ評価料等について」

FAQ

管理薬剤師の平均年収はいくらですか？

厚生労働省の第25回医療経済実態調査では、法人保険薬局の管理薬剤師の2024年度の平均給料計は7,261,788円、中央値は6,680,625円でした。ただし、すべての管理薬剤師の全国相場を示すものではなく、個人の給与は勤務先、経験、役割、勤務地等によって異なります。

管理薬剤師になると年収はいくら上がりますか？

一律には示せません。管理薬剤師手当、基本給の等級変更、役割給など給与制度は会社によって異なります。医療経済実態調査で管理薬剤師と薬剤師の給与差は確認できますが、同一人物の昇格前後を比較した統計ではないため、その差を昇格による年収アップ額として使うことはできません。

管理薬剤師手当は月いくらが妥当ですか？

全国共通の妥当な管理薬剤師手当を示す公的統計は確認できません。手当だけでなく、基本給、賞与、残業代、業務範囲、人員体制などを含めて総合的に判断する必要があります。

管理薬剤師になると残業代は出なくなりますか？

管理薬剤師になっただけで自動的に残業代が出なくなるわけではありません。薬機法上の管理薬剤師と労働基準法上の管理監督者は別の概念です。管理監督者に該当するかは、職務内容、権限、勤務態様、待遇などの実態をもとに判断されます。

管理薬剤師は調剤ベースアップ評価料の対象ですか？

2026年度の調剤ベースアップ評価料では、管理薬剤師は評価料収入を用いた賃金改善の対象外です。ただし、会社が別の原資を用いて管理薬剤師の基本給や手当を上げることまで禁止されているわけではありません。

今の職場で管理薬剤師になるか迷っています。何を確認すればよいですか？

昇格後の総年収、具体的な業務範囲、薬局長等との兼務、権限、人員体制、一人薬剤師の時間帯、時間外対応、今後のキャリアパスを確認すると判断しやすくなります。給与だけでなく、責任・権限・業務量・支援体制をセットで見ることが重要です。