薬剤師の職場トラブルは労基署に相談できる？残業代・休憩・有給・パワハラの相談先

薬局で働いていると、「薬歴を書いている時間が残業になっていない」「一人薬剤師で休憩が取れない」「有給を申請しても認めてもらえない」「上司からの言動がパワハラではないか」といった問題が起こることがあります。

こうしたとき、労働基準監督署へ相談すればよいのか迷う人もいるでしょう。

結論から言えば、薬剤師の職場トラブルでも、賃金・労働時間・休憩・年次有給休暇・安全衛生など、労働基準関係法令に関わる問題は労働基準監督署へ相談できます。

一方、パワハラ、配置転換、人事評価、人間関係などは、総合労働相談コーナーや都道府県労働局の雇用環境・均等部（室）など、別の窓口の方が相談内容に合う場合があります。

重要なのは、困っていることをすべて「労基署へ行けば解決する問題」と考えることではありません。

何が起きているのかを整理し、その問題を扱う窓口を選ぶことが先です。

※本記事は2026年9月時点の厚生労働省、都道府県労働局等の一次資料をもとに一般的な相談先を整理しています。個別の法的判断を行うものではありません。

結論｜労基署へ相談する問題と、別の窓口が合う問題がある

まず、自分の悩みがどこに近いかを確認してください。

職場で起きていること	主な相談先	この記事での位置づけ
残業代・賃金が支払われていない	労働基準監督署	労働時間・賃金の問題
薬歴等の業務を退勤後にしている	労働基準監督署	実労働時間と勤怠の問題
一人薬剤師で休憩中も患者・電話対応が必要	労働基準監督署	休憩・労働時間の問題
有給休暇を一律に認めてもらえない	労働基準監督署	年次有給休暇の問題
最低賃金を下回っている可能性がある	労働基準監督署・労働局	賃金の問題
職場の安全・衛生に問題がある	労働基準監督署	安全衛生の問題
仕事中・通勤中にけがをした	労働基準監督署	労災保険の問題
パワハラ・セクハラ等	会社の相談窓口、都道府県労働局雇用環境・均等部（室）、総合労働相談コーナー等	ハラスメントの問題
配置転換・人事評価・人間関係等	総合労働相談コーナー等	個別労働紛争の問題
妊娠・出産・育児介護休業等に関する問題	都道府県労働局雇用環境・均等部（室）	雇用環境・均等関係
どこへ相談すればよいか分からない	総合労働相談コーナー	相談先の案内を受ける入口

厚生労働省は、労働基準監督署について、労働時間・賃金・解雇等の労働条件、職場の安全衛生、労災保険に関する相談を受け付ける窓口として案内しています。

厚生労働省｜労働条件に関する相談窓口

労働基準監督署は何をする機関？

労働基準監督署は、労働基準法や労働安全衛生法などの履行を確保するために、事業場への監督指導等を行う国の機関です。

主な対象には、

• 賃金
• 労働時間
• 休憩・休日
• 年次有給休暇
• 職場の安全・衛生
• 労働災害・労災保険

などがあります。

一方で、労基署は職場に関するあらゆる不満を判定する機関ではありません。

例えば、上司と性格が合わない、評価に納得できない、希望していない店舗へ異動になったといった問題は、それだけで直ちに労働基準法違反になるとは限りません。

こうした問題を含め、相談先が分からない場合は後述する総合労働相談コーナーを入口にできます。

薬剤師が労基署へ相談を考えやすい5つのケース

1．残業代・賃金が適切に支払われていない

薬局で起こりやすいのが、勤怠上の退勤時刻と実際に仕事を終えた時刻が一致していないケースです。

例えば、

• タイムカードを押した後に薬歴を書く
• 閉局後の片付けや締め作業を行う
• 勤務時間外に会社から指示された研修を受ける
• 申告できる残業時間に事実上の上限がある

といった場合です。

厚生労働省の労働時間把握ガイドラインでは、労働時間は使用者の指揮命令下に置かれている時間とされ、使用者の明示・黙示の指示によって業務に従事している時間も含まれます。

また、使用者には、原則として始業・終業時刻を確認し記録することが求められています。

大阪労働局｜労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン

ただし、「薬歴を書いた時間は必ずすべて残業になる」と一律に決めるものではありません。

実際にどの時間まで業務をしていたのか、会社の指示や業務上の必要性がどうだったのか、勤怠上どのように処理されているのかを具体的に整理します。

未払い残業代について、勤怠・給与明細・労働時間の整理方法まで確認したい場合は、薬剤師の未払い残業代について確認する記事で詳しく整理しています。

2．薬歴を書く時間が勤怠に入っていない

薬剤師では、薬歴の記録が勤務終了後へずれ込むことがあります。

ここでも見るべきなのは「薬歴」という業務名ではなく、実際の業務時間と勤怠記録が一致しているかです。

例えば、18時に勤怠上は退勤しているのに、その後19時まで継続的に薬歴入力を行っている場合は、

• 会社はその業務を把握していたか
• 時間外に行わざるを得ない業務量だったか
• 残業申請はどのような運用だったか
• パソコンの利用時間等と勤怠にずれがないか

を整理します。

厚生労働省のガイドラインでも、自己申告された労働時間と入退場記録・パソコン使用時間等に著しい乖離がある場合、使用者は必要に応じて実態を調査し、労働時間を補正することが示されています。

3．一人薬剤師で休憩中も患者・電話対応が必要

一人薬剤師では、休憩時間として勤怠上は処理されていても、実際には患者対応や電話対応のため薬局を離れられないことがあります。

労働基準法では、労働時間が6時間を超える場合には少なくとも45分、8時間を超える場合には少なくとも60分の休憩が必要です。

さらに、休憩時間は労働から離れることが保障されている必要があります。

厚生労働省は、昼休み中の電話・来客対応について、対応することを求められている場合は勤務時間に含まれると説明しています。

厚生労働省｜昼休み中の電話・来客対応は勤務時間に含まれるか

4．有給休暇を一律に認めてもらえない

年次有給休暇は労働基準法39条に定められています。

会社独自の申請手続や、使用者の時季変更権など確認すべき点はありますが、法定年休について「うちの薬局では有給は取れない」と一律に扱えるものではありません。

有給を申請したのに取得できない場合は、

• 自分に年休が何日付与されているか
• 会社の申請手続
• 会社が取得日を変更すると説明した理由
• 単なる拒否なのか、別日の提示があるのか

を整理します。

有給の申請・時季変更権・年5日取得義務等については、薬剤師は有給を取れない？申請・時季変更権・年5日義務と対処法で詳しく確認できます。

5．労働時間や安全衛生に法令上の疑問がある

労基署は、賃金・労働時間だけでなく、職場の安全や衛生についても相談を受け付けています。

例えば、長時間労働、健康診断、安全衛生上の問題等について法令上の疑問がある場合も相談先になります。

ただし、薬局内の薬事法令上の問題は、労働基準監督署ではなく、都道府県等の薬務主管課など別の行政機関が担当するものもあります。

労働法上の問題なのか、薬機法等の薬事行政上の問題なのかを分けて考えることも必要です。

パワハラ・配置転換・人間関係は相談先が異なることがある

パワハラ・セクハラ等

パワハラ等については、「労基署へ相談しても意味がない」と一律に考える必要はありませんが、主な相談窓口は労働基準監督署とは異なります。

厚生労働省は、まず会社の人事労務担当者や相談窓口、信頼できる上司等への相談を案内しています。

会社へ相談しても対応してもらえない場合には、都道府県労働局の雇用環境・均等部（室）へ相談できます。

厚生労働省｜職場におけるハラスメントの防止のために

一方、ハラスメントと同時に未払い残業や休憩未取得等が起きている場合は、それらは別の労働基準法上の問題として労基署へ相談できる可能性があります。

ハラスメントの記録、安全確保、社内外の相談先については、薬剤師が職場でハラスメントに悩んだときの確認手順で詳しく整理しています。

配置転換・人事評価・人間関係

店舗異動への不満、人事評価、上司・同僚との人間関係などは、個別事情によって法的な論点が変わります。

これらについて「どこへ相談すればよいのか分からない」という場合は、総合労働相談コーナーを利用できます。

総合労働相談コーナーは、解雇、雇止め、配置転換、賃金引下げ、募集・採用、いじめ・嫌がらせ、パワハラ等を含む幅広い労働問題を対象としています。

妊娠・出産・育児介護休業等

妊娠・出産、育児休業、介護休業、それらを理由とする不利益取扱いやハラスメントなどについては、都道府県労働局の雇用環境・均等部（室）が相談窓口です。

厚生労働省の相談窓口一覧では、パートタイム・有期雇用労働者の待遇に関する相談等も同部（室）の対象として案内されています。

厚生労働省｜相談窓口等一覧

どこへ相談すればよいか分からないなら総合労働相談コーナー

自分の悩みが労働基準法違反なのか、ハラスメントなのか、個別労働紛争なのかを本人が最初から正確に分類できるとは限りません。

そのような場合は、厚生労働省の総合労働相談コーナーを入口にできます。

総合労働相談コーナーでは、

• 解雇
• 雇止め
• 配置転換
• 賃金の引下げ
• 募集・採用
• いじめ・嫌がらせ
• パワハラ

など、幅広い労働問題について相談できます。

相談は無料で、予約不要です。面談または電話で相談でき、相談者のプライバシー保護に配慮した対応を行うと案内されています。

厚生労働省｜総合労働相談コーナーのご案内

労基署への「相談」と「申告」は同じではない

労働基準監督署を利用するときに、特に分けて理解したいのが相談と申告です。

	相談	申告
主な目的	制度・法令・状況について相談する	労働基準関係法令違反の事実を監督機関へ申し立てる
相談後	法令説明や相談先の案内等で終了する場合もある	内容に応じて事実関係の調査等につながることがある
会社への対応	相談しただけで直ちに会社へ調査が入るとは限らない	申告内容に応じ、事業場への監督等が行われる場合がある
根拠	各相談窓口の行政サービス	労働基準法104条等

労働基準法104条では、事業場に労働基準法等への違反事実がある場合、労働者はその事実を行政官庁または労働基準監督官へ申告できると定めています。

また、使用者は、その申告をしたことを理由として労働者を解雇したり、その他の不利益な取扱いをしたりしてはならないとされています。

厚生労働省｜労働基準法

申告をきっかけとして、労働基準監督官が事業場を調査したり、事業主等から事情を聴いたりする場合があります。

したがって、制度について相談したい段階なのか、具体的な法令違反について行政上の対応を求めたいのかを分けて考えると、自分が求めている対応を説明しやすくなります。

相談したらすぐ会社へ調査が入るわけではない

「労基署へ電話したら、その日のうちに会社へ連絡されるのでは」と心配する人もいます。

しかし、法令や制度について相談しただけで、必ず会社への調査が始まるわけではありません。

相談内容を確認した結果、制度説明や別の相談窓口の案内で終わる場合もあります。

一方、労働基準関係法令違反について申告を行い、監督上の対応が必要と判断された場合には、事業場への監督等につながることがあります。

相談したことと、会社への監督が始まったことを同じ意味にしないことが重要です。

匿名で相談できる？会社に知られる？

匿名で相談を受け付けている窓口もあります。

例えば大阪労働局の総合労働相談コーナーでは、匿名でも相談を受け付けることを明記しています。

大阪労働局｜総合労働相談コーナー

ただし、匿名で制度説明を受けることと、具体的な法令違反について正式に申告することは同じではありません。

また、労働基準法105条では、労働基準監督官には職務上知り得た秘密を漏らしてはならない義務があります。

それでも、会社側が事実関係を確認される中で、出来事の内容や勤務状況等から相談者を推測する可能性までゼロとはいえません。

労基署へ相談する前に整理しておきたい資料

すべての証拠がそろっていなくても相談自体はできます。

一方、何が起きているのかを説明できる資料があると、相談内容を整理しやすくなります。

資料	確認すること
労働条件通知書・雇用契約書	勤務時間、休日、賃金、勤務場所、仕事内容等
就業規則・賃金規程	残業、休憩、有給、給与計算等の社内ルール
給与明細	基本給、手当、残業代、控除等
シフト表	本来の勤務日・勤務時間
勤怠記録	実際に記録されている始業・終業時刻
業務上確認できるPC等の利用記録	勤怠と実際の業務時刻の差
会社からの業務指示	勤務時間外の業務・研修等の指示
自分で残した時系列メモ	いつ、誰から、何を言われ、何が起きたか

資料は、「会社を悪く見せる材料」を集めるという考え方ではなく、契約上の条件と実際の勤務状況にどのような差があるかを見るために整理します。

薬歴・患者情報を証拠として私物端末へ持ち出さない

薬剤師が職場トラブルの記録を残すときに特に注意したいのが、患者情報です。

例えば、薬歴を勤務時間外に記載している事実を残したいからといって、患者氏名・処方内容・薬歴画面等を自分のスマートフォンで撮影したり、私物端末へ無断でコピーしたりすることは避けてください。

医療・介護関係事業者には、個人データの漏えい等を防ぐための安全管理措置が求められています。

厚生労働省の医療情報システム安全管理ガイドラインでも、医療情報や情報機器の持出しは、組織の運用管理規程等に基づいて管理することが求められています。

個人情報保護委員会・厚生労働省｜医療・介護関係事業者における個人情報の適切な取扱いのためのガイダンス

厚生労働省｜医療情報システムの安全管理に関するガイドライン 第7.0版

自分の勤怠や給与について相談するために、患者の個人情報まで外部へ持ち出す必要はありません。

どの資料を使って相談すればよいか分からない場合は、まず相談窓口へ「こういう記録があります」と伝え、必要な資料を確認する方が安全です。

平日の日中に相談できないなら労働条件相談ほっとライン

薬局勤務では、平日の日中に労働局や労基署へ電話することが難しい場合があります。

その場合は、厚生労働省委託事業の労働条件相談ほっとラインを利用できます。

日本語電話番号	0120-811-610
平日	17:00～22:00
土・日・祝日	9:00～21:00
料金	無料

年末年始の12月29日～1月3日は除かれます。

この窓口では、労働基準関係法令について専門知識を持つ相談員から、法令・裁判例等の説明や関係機関の案内を受けられます。

厚生労働省｜労働条件相談ほっとライン

人事・労務の実務から見て相談前に整理しておきたいこと

人事側で労務上の問題を整理するときも、最初から結論を決めるより事実を分ける方が状況を把握しやすくなります。

公的な相談窓口へ連絡する前に、次の5点を簡単にメモしておくと説明しやすくなります。

1. 何が起きたか
   未払い残業、休憩、有給、ハラスメント等、最も困っていることを一つずつ分けます。
2. いつから続いているか
   一度だけなのか、毎日・毎月続いているのかを整理します。
3. 契約・規程ではどうなっているか
   労働条件通知書、就業規則、賃金規程等を見ます。
4. 実際にはどう処理されているか
   シフト、勤怠、給与明細等を確認します。
5. 会社へ確認したか、どのような回答だったか
   すでに相談している場合は、その回答も時系列に加えます。

感情をなくして話す必要はありません。

ただ、相談員が状況を理解しやすいように、自分の気持ちと、確認できる出来事・資料を分けて説明すると論点が伝わりやすくなります。

労基署へ相談することと転職することは別に考える

職場に法令上の疑問があるからといって、すぐに退職・転職を決める必要はありません。

問題によっては、

• 会社へ給与計算や勤怠処理を確認する
• 人事・本部へ相談する
• 店舗内の人員配置を見直す
• 異動を相談する
• 公的機関へ相談する
• 最終的に職場を変える

など複数の選択肢があります。

公的機関への相談は、今の勤務先で何が起きているのかを整理するためにも利用できます。

退職意思が固まっており、会社から強く引き止められている場合は、薬剤師の退職引き止め対処法で退職手続と会社との調整を確認してください。

この記事では、職場トラブルを理由として転職サービスを利用することを結論にはしません。

まとめ｜まず問題を整理して、合う相談先を選ぶ

• 賃金・労働時間・休憩・有給・安全衛生等は労基署の主な相談分野
• 薬歴等の勤務時間外業務は、実際の労働時間と勤怠処理を比較する
• 休憩中も患者・電話対応を求められる場合は、実際に労働から離れられているかを見る
• パワハラ等は会社の相談窓口、労働局雇用環境・均等部（室）、総合労働相談コーナー等が主な相談先
• 配置転換・人事評価・人間関係等を含め、相談先が分からなければ総合労働相談コーナーを利用できる
• 労基署への相談と、労基法104条に基づく申告は分けて考える
• 相談しただけで必ず会社へ調査が入るわけではない
• 正式な申告を理由とした解雇その他の不利益取扱いは禁止されている
• 相談前は契約書・就業規則・シフト・勤怠・給与明細等を時系列で整理する
• 薬歴・患者情報等を証拠目的で私物端末へ無断で持ち出さない
• 平日の日中に相談できない場合は労働条件相談ほっとラインも利用できる

職場の問題で重要なのは、最初から「我慢する」「会社と争う」「転職する」のどれか一つを選ぶことではありません。

何が起きているのかを具体的にし、その問題を扱える相談先へつなぐことから始めてください。

---

この記事で確認した主な一次資料

• 厚生労働省｜労働条件に関する相談窓口
• 厚生労働省｜総合労働相談コーナーのご案内
• 厚生労働省｜相談窓口等一覧
• 厚生労働省｜職場におけるハラスメントの防止のために
• 厚生労働省｜労働基準法
• 大阪労働局｜労働時間の適正な把握のために使用者が講ずべき措置に関するガイドライン
• 厚生労働省｜休憩中の電話・来客対応と労働時間
• 厚生労働省｜労働条件相談ほっとライン
• 個人情報保護委員会・厚生労働省｜医療・介護関係事業者における個人情報の適切な取扱いのためのガイダンス
• 厚生労働省｜医療情報システムの安全管理に関するガイドライン 第7.0版

FAQ

労基署へ相談すると会社に連絡されますか？

相談しただけで必ず会社へ連絡・調査が行われるわけではありません。制度説明や別の相談先の案内で終わる場合もあります。一方、労働基準関係法令違反について正式に申告し、監督上の対応が必要と判断された場合には、会社への調査等につながることがあります。

匿名で労働相談できますか？

匿名で相談を受け付ける窓口もあります。例えば大阪労働局の総合労働相談コーナーは匿名相談を受け付けると明示しています。ただし、匿名で制度について相談することと、労働基準法104条等に基づいて具体的な法令違反を申告することは別に考えてください。

証拠がなくても労基署へ相談できますか？

資料がすべてそろっていなくても相談自体はできます。ただし、労働条件通知書、給与明細、シフト、勤怠、業務指示等を整理しておくと状況を説明しやすくなります。どの資料が必要か分からない場合は、最初の相談時に手元にある資料を伝えて確認してください。

薬歴を退勤後に書いている場合は労基署へ相談できますか？

実際に労働している時間と勤怠記録が一致していない疑いがある場合は、労働時間・賃金の問題として労基署へ相談できます。薬歴という業務名だけで判断するのではなく、実際の業務時刻、会社の指示、勤怠記録、残業代の処理等を整理してください。

一人薬剤師で休憩中も患者対応をしている場合は相談できますか？

休憩として処理されていても、電話や患者対応等を求められ、実際に労働から離れることが保障されていない場合は労働時間に関する問題になり得ます。勤怠上の休憩時間と、実際にどのように過ごしているかを整理して労基署へ相談できます。

パワハラは労基署へ相談できますか？

パワハラについては、会社の相談窓口、都道府県労働局の雇用環境・均等部（室）、総合労働相談コーナー等が主な相談先です。ただし、同時に未払い残業、休憩、労働時間等の問題が起きている場合は、それらを別の論点として労基署へ相談できる場合があります。

退職後でも労基署へ相談できますか？

退職後でも、在職中の未払い賃金等について相談できる場合があります。請求権の時効等が関係することもあるため、問題がある場合は退職から長期間放置せず、早めに労基署や専門家へ確認してください。

夜や土日に相談できる窓口はありますか？

厚生労働省委託の労働条件相談ほっとラインがあります。日本語窓口は0120-811-610で、平日は17時～22時、土日・祝日は9時～21時に利用できます。12月29日～1月3日は除かれます。