薬剤師の残業月45時間は多い？36協定・労働時間・残業代の確認方法を解説

にゃん部長

公開日2025年11月28日最終更新日2026年8月10日

この記事はこんなときに見返せます

残業月45時間という数字が何を意味するのか
36協定の原則上限と特別条項の違い
45時間を健康上の安全・危険の境界線と考えない理由
開局前準備・閉局後薬歴・休憩中対応が労働時間になる考え方
固定残業代と実際の残業時間を分けて確認する方法
未払い残業が疑われるときに確認する資料
職場改善・公的相談・転職をどう比較するか

薬剤師として働いていて、毎月の残業が30時間、40時間、45時間を超える状態が続くと、この働き方は法的に問題ないのか、健康への影響はないのか、このまま続けるべきなのかと不安になることがあります。

ここで最初に注意したいのは、月45時間という数字には、労働基準法上の時間外労働の上限と、脳・心臓疾患の労災認定における労働時間評価という別の意味があることです。

45時間を超えた瞬間に違法、45時間までは健康上安全、45時間を超えたら転職すべき、と単純に判断することはできません。

さらに、自分が毎月45時間残業していると思っていても、その時間が会社の所定労働時間を超えた時間なのか、労働基準法上の法定時間外労働なのかによって意味が異なります。

この記事では、調剤薬局チェーンで人事・組織運営に携わった経験と厚生労働省の公的資料を分けながら、薬剤師の残業時間を確認する手順を整理します。

制度情報は2026年8月時点で確認しています。個別の未払い賃金請求や労働法上の判断は、実際の雇用契約・就業規則・勤務記録等によって異なるため、必要に応じて労働基準監督署等の公的窓口や専門家へ確認してください。

最初に整理｜残業月45時間には3つの論点がある

残業45時間という数字を見たときは、次の3つを分けます。

論点	45時間の意味
労働基準法	36協定で定める時間外労働の原則的な上限が月45時間・年360時間
健康・労災認定	おおむね45時間を超えて時間外労働が長くなるほど、業務と脳・心臓疾患発症との関連性が徐々に強まるという評価の目安
自分の勤務記録	会社が表示する残業時間が、法定時間外労働・所定外労働・休日労働等のどれを指すか確認が必要

この3つを一つにすると、45時間を健康上の発症ラインとみなす、45時間を超えれば直ちに法律違反とみなす、45時間未満なら問題ないとみなす、といった誤解につながります。

36協定の原則は月45時間・年360時間

労働基準法では、法定労働時間は原則として1日8時間、1週40時間です。

法定労働時間を超えて働かせる場合、使用者は労使間で36協定を締結し、所轄の労働基準監督署へ届け出る必要があります。時間外労働の限度時間は、原則として月45時間・年360時間です。厚生労働省時間外・休日労働と割増賃金

ただし、1年単位の変形労働時間制が適用される労働者については、限度時間が原則として月42時間・年320時間です。残業45時間という検索語だけを見て、すべての勤務先に同じ限度時間を当てはめないようにします。

また、ここでいう45時間・42時間は、単純に会社の終業時刻から後に残った時間を全部足した数字とは限りません。

たとえば所定労働時間が1日7時間30分の職場で通常の労働時間制を採用している場合、7時間30分を超えて8時間まで働いた部分は所定外労働ではあっても、原則として1日8時間という法定労働時間の範囲内です。

1日の労働時間の例	通常の考え方
7時間30分まで	雇用契約上の所定労働時間
7時間30分超～8時間	所定外労働だが、通常は法定労働時間内
8時間超	原則として法定時間外労働

これは通常の労働時間制を単純化した例です。1か月単位・1年単位の変形労働時間制が適法に導入され、あらかじめ特定された日・週では、8時間・40時間を超える所定労働時間が設定されることがあります。

所定労働時間 → 採用している労働時間制度 → 実際に働いた時間の順に確認してから、法定時間外労働を判断します。

小規模な事業場では週44時間の特例がある場合もある

法定労働時間は原則週40時間ですが、常時使用する労働者が10人未満の商業、保健衛生業、接客娯楽業等の一定の事業場には、1週44時間の特例があります。厚生労働省法定労働時間と割増賃金

薬局・医療機関だから一律に40時間、または一律に44時間と決めず、事業場の業種区分・常時使用する労働者数・採用している労働時間制度を確認してください。

特別条項があれば月45時間を超える場合がある

臨時的な特別の事情がある場合、特別条項付き36協定により原則の月45時間を超える時間外労働が認められる場合があります。

一般の労働者について、特別条項を利用する場合にも次の上限があります。厚生労働省時間外労働の上限規制

時間外労働は年720時間以内
時間外労働と休日労働の合計は単月100時間未満
時間外労働と休日労働の合計は2～6か月平均で月80時間以内
月45時間を超えて時間外労働を延長できるのは年6か月まで

したがって、ある月に法定時間外労働が45時間を超えたという事実だけでは、直ちに労働基準法違反とは断定できません。

一方、45時間超が毎月のように続いている場合は、特別条項の有無、36協定の内容、年間時間、休日労働を含む上限等を確認する必要があります。

なお、医療機関で働く薬剤師であっても、2024年から適用されている医業に従事する医師向けの時間外労働上限の特例と同じ制度で考えるわけではありません。厚生労働省の上限規制の説明でも、医師は別の特例対象として示されています。薬剤師は自分に適用される一般の労働時間制度・36協定等を確認してください。厚生労働省時間外・休日労働と割増賃金

45時間は健康上の安全・危険の境界線ではない

健康面についても、45時間を境に安全から危険へ急に変わるわけではありません。

厚生労働省の現在の脳・心臓疾患の労災認定基準では、発症前1か月から6か月にわたり、1か月当たりおおむね45時間を超える時間外労働が認められない場合は業務と発症との関連性が弱い一方、45時間を超えて時間外労働時間が長くなるほど関連性が徐々に強まると整理されています。厚生労働省脳・心臓疾患の労災認定基準

さらに、発症前1か月におおむね100時間、または発症前2～6か月平均でおおむね80時間を超える時間外労働がある場合には、業務と発症との関連性が強いと評価される考え方があります。

これは労災認定における評価の目安です。45時間なら健康被害が起こらない、80時間になった瞬間に病気になる、といった医学的な安全保証や発症ラインではありません。

労災認定では労働時間だけでなく、不規則勤務、拘束時間、休日の少なさ、心理的負荷なども考慮されます。

残業時間だけで体調を判断せず、睡眠不足、強い疲労、体調変化等がある場合は、医療機関や産業医等へ相談してください。

月80時間超では労働時間の通知と医師面接の制度も確認する

労働安全衛生法に基づく長時間労働者への面接指導制度もあります。

一般の労働者では、1週間40時間を超えて労働した時間が1か月当たり80時間を超え、疲労の蓄積が認められる場合、本人の申出により医師による面接指導の対象となる仕組みがあります。

また、事業者は月80時間を超える時間外・休日労働を行った労働者本人に、その超えた時間に関する情報を通知することが求められています。厚生労働省のこころの耳でも、月80時間超の労働者への時間情報の通知と、申出窓口等の体制整備が説明されています。厚生労働省こころの耳Q&A

会社独自にこれより広い範囲で産業医面談等を設けている場合もあります。長時間労働が続いているときは、勤務先からの通知、申出方法、健康管理制度も確認してください。

実際の労働時間は使用者の指揮命令下にあるかで考える

残業時間を確認するときに重要なのが、タイムカード上の時刻だけではなく、実際にどの時間が労働時間に当たるかです。

厚生労働省の労働時間適正把握ガイドラインは、労働時間を使用者の指揮命令下に置かれている時間とし、使用者の明示または黙示の指示によって業務に従事する時間は労働時間に当たるとしています。厚生労働省労働時間の適正把握ガイドライン

ガイドラインでは例として、次の時間が挙げられています。

使用者の指示により、業務に必要な準備行為を行う時間
使用者の指示により業務終了後の清掃等を行う時間
即時に業務へ従事することを求められ、労働から離れることが保障されていない待機時間
参加が業務上義務付けられた研修・教育訓練

薬局で考えると、開局前の機器準備、業務上義務付けられた朝礼、閉局後の薬歴・在庫業務、業務上必要な清掃等について、使用者の指示の下で行っている場合は労働時間に当たり得ます。

反対に、本人が任意に早く来て私的な勉強をしている時間まで、自動的に労働時間になるわけではありません。

個別判断では、業務上必要だったか、使用者が指示・承認していたか、行わなければ業務が成立しなかったかなどの実態が重要になります。

自宅で行う必須研修・業務も場所ではなく指揮命令の実態で考える

薬局を出た後に行う作業だから労働時間ではない、と一律に決まるわけでもありません。

会社から受講を義務付けられたeラーニング
会社の指示で作成する資料・報告書
業務上必要として自宅で行うことを求められた学習・準備

についても、使用者の明示・黙示の指示の下で行われているか、任意参加か、業務上必要かなどの実態を確認します。厚生労働省の労働時間適正把握ガイドラインでも、参加が業務上義務付けられた研修・教育訓練は労働時間に当たる例として示されています。厚生労働省労働時間の適正把握ガイドライン

ただし、労働時間に当たるかどうかと、患者情報・処方情報等を自宅や私物端末へ持ち出してよいかは別問題です。勤務先の個人情報・情報セキュリティ規程に反する持ち帰り業務を推奨するものではありません。

休憩中の患者対応は実態を確認する

労働基準法では、労働時間が6時間を超える場合は45分以上、8時間を超える場合は1時間以上の休憩を労働時間の途中に与える必要があります。休憩時間は労働者が自由に利用できることが原則です。厚生労働省休憩時間などの基礎知識

休憩と記録されていても、電話・来客・処方箋受付等があれば直ちに対応するよう求められ、労働から離れることが保障されていない時間は、手待時間として労働時間に当たる可能性があります。

ただし、休憩中に一度電話へ対応しただけで休憩時間全体を労働時間とするような一律の扱いではありません。実際にどの時間にどのような拘束・対応があったかを確認します。

管理薬剤師だから残業代が不要とは限らない

管理薬剤師・薬局長という肩書が付くと、管理職だから残業代は出ないと説明されることがあります。

しかし、労働基準法第41条の管理監督者は、役職名だけで決まるものではありません。

厚生労働省は、管理監督者について、労働条件の決定その他労務管理について経営者と一体的な立場にあるか、労働時間に裁量があるか、地位・権限にふさわしい待遇があるかなど、実態に即して判断するとしています。厚生労働省管理監督者

したがって、薬機法上の管理薬剤師であることや、会社から薬局長という役職を付けられていることだけで、労働基準法上の管理監督者になるわけではありません。

さらに、仮に労働基準法上の管理監督者に該当する場合でも、適用除外の中心は労働時間・休憩・休日に関する規定です。深夜労働に対する割増賃金の規定は適用除外されません。厚生労働省時間外・休日労働と割増賃金

固定残業代があること自体を危険サインにしない

求人票に固定残業代30時間分などと書かれていると、毎月30時間の残業が予定されていると考えることがあります。

固定残業時間は固定残業代の算定根拠であり、実際の時間外労働時間の見込み・実績とは別です。

ハローワークの求人情報では、固定残業代を採用する場合、固定残業代の額に加え、時間外労働の有無にかかわらず支給すること、固定残業時間を超えた分は法定どおり追加支給することを明示するよう求めています。ハローワーク求人情報の入力方法

したがって確認すべきなのは、固定残業代があるかないかだけではありません。

保存用｜固定残業代の確認シート

確認項目	内容
固定残業代を除く基本給
固定残業代の金額
何時間分として算定されているか
固定時間を超えた場合の追加支給
通常月の実際の残業時間
繁忙月の実際の残業時間
開局前・閉局後業務が残業集計に含まれるか

残業代の計算を年収÷概算時間だけで出さない

未払い残業を説明するときに、年収を単純に時給換算して25％を上乗せする計算が使われることがあります。

しかし、実際の割増賃金の基礎には、月給の内訳、除外できる手当、月の平均所定労働時間、時間外・休日・深夜労働の区分などが関係します。

労働基準法上、法定時間外労働は25％以上、法定休日労働は35％以上、深夜労働は25％以上の割増が基本です。また、1か月60時間を超える法定時間外労働は50％以上の割増率となります。厚生労働省労働条件・職場環境に関するルール

自分の未払い額を確認する場合は、給与明細・賃金規程・雇用契約書等を使って計算条件を確認します。

変形労働時間制が導入されている職場では、通常の勤務体系とは時間外労働の判定方法が異なります。薬剤師の変形労働時間制と残業代の考え方も確認してください。

賃金不払残業はあってはならない

厚生労働省は、所定労働時間外に労働した時間の一部または全部について所定の賃金・割増賃金を支払わない賃金不払残業は、労働基準法に違反するあってはならないものとしています。厚生労働省賃金不払残業の解消を図るための指針

一方で、職場に早く着いていた時間、休憩時間、研修時間などがすべて自動的に未払い残業になるわけではありません。

実際に使用者の指揮命令下で労働していた時間と、給与計算上どのように処理されたかを照合する必要があります。

未払い残業が疑われるときに確認する資料

自分の勤務時間と給与の扱いに疑問がある場合は、まず事実を整理します。

雇用契約書・労働条件通知書
就業規則・賃金規程
給与明細
タイムカード・勤怠システムの記録
勤務表・シフト表
PCログ・業務メール等、勤務時刻を確認できる資料
開局前・閉局後・休憩中に行っていた業務の記録

自分でも補助的に日付、実際の業務開始・終了時刻、休憩中に対応した時間、主な業務内容を記録しておくと、会社の勤怠記録との差を確認しやすくなります。

個人のメモへ患者名・処方内容など業務上の個人情報を持ち出さないよう注意してください。

実際に未払い残業が疑われる場合の証拠、時効、相談先は、薬剤師の未払い残業代の確認方法で整理しています。

保存用｜自分の1週間の実労働時間を確認するシート

会社の勤怠記録だけでは実態が分かりにくい場合は、まず1週間でも自分の勤務実態を時刻ベースで整理します。

補助記録には患者名・処方内容等を記載せず、勤務時刻と業務の種類が分かる程度に留めます。実際の法的判断では会社の勤怠記録や就業規則等と合わせて確認してください。

残業代の請求権には時効がある

2020年4月1日以降に支払期日が到来する賃金について、賃金請求権の消滅時効は法律上5年へ延長されましたが、当分の間は3年とされています。時間外・休日労働等の割増賃金も対象です。厚生労働省賃金請求権の消滅時効Q&A

実際の請求では、支払期日、請求内容、時効完成猶予・更新等の事情が関係することがあります。未払いが疑われる場合は、放置せず早めに確認することが重要です。

残業が多いと感じたときの3ステップ

1．労働時間と給与の扱いを確認する

まず、残業が多いという感覚を、実際の記録に置き換えます。

所定労働時間は何時間か
法定時間外労働は何時間か
休日労働はあるか
休憩中に業務対応していないか
開局前・閉局後の業務が勤怠へ反映されているか
時間外手当が給与へ適切に反映されているか

45時間という数字だけを見ず、何の時間がどのように集計されているかを確認します。

2．長時間労働の原因と改善可能性を確認する

労働時間の実態が分かったら、なぜ残業が発生しているかを分けます。

特定曜日・時間帯への患者集中
薬歴記載の時間不足
欠員・人員配置
在庫・発注・締め作業
会議・研修
役割分担の偏り
会社が把握していないサービス残業

運用上の問題なら、上司・管理薬剤師・人事等へ相談して改善できる場合があります。

ただし、法令違反が疑われる問題まで、本人が業務改善提案書を作って解決しなければならないわけではありません。

労働時間の記録が不適切、未払い賃金が疑われる、36協定の上限を超えている可能性があるなどの場合は、制度の確認・相談を別に行います。

3．社内調整・外部相談・転職を比較する

問題を把握した後の選択肢は転職だけではありません。

上司・人事へ勤務実態を相談する
シフト・業務分担・配属を調整する
産業医・健康管理部門へ相談する
労働基準監督署・総合労働相談コーナー等へ相談する
他の職場の労働条件を調べる
転職する

健康上の問題が強い場合、法令違反が疑われる場合、社内で改善を求めること自体が難しい場合など、順番を固定する必要はありません。

労働基準監督署への相談を最終手段にしない

労働基準監督署へ相談すると会社との関係が悪化するから最後まで避けるべき、と一律に考える必要はありません。

労働基準法違反の疑いがある場合は、事業場を管轄する労働基準監督署へ相談できます。労働条件全般については、各都道府県労働局や労働基準監督署内等に設置された総合労働相談コーナーも利用できます。厚生労働省総合労働相談コーナー

総合労働相談コーナーでは相談内容に応じて情報提供や担当部署への取次ぎ等が行われます。

相談したら自動的に会社への調査が始まる、未払い賃金を回収できる、というものではありません。相談内容と利用する制度を確認してください。

転職先の残業時間は応募者本人も確認してよい

転職を検討する場合、残業時間や休憩について本人が質問すると権利ばかり主張する人と思われる、と決めつける必要はありません。

入社後の働き方を判断するため、仕事内容・労働時間・休日・賃金などは重要な確認事項です。

ただし、平均残業時間という一つの数字だけでは勤務実態を判断しにくいため、次のように聞くと具体的です。

通常月と繁忙月で残業時間はどの程度違いますか
残業が発生する主な業務は何ですか
開局前・閉局後に定例業務はありますか
休憩中に患者対応が発生した場合はどのように運用していますか
固定残業代がある場合、何時間分で超過分はどう支給されますか
欠員時はどのように応援・シフト調整しますか

紹介会社を利用している場合に確認を補助してもらうことはできますが、紹介会社が全店舗の実態を把握しているとは限りません。

最終的には、自分へ提示された求人情報・面接時の説明・労働条件の書面を照合します。

残業以外の休日、配属、異動、給与、有給等も含めて転職先を確認する場合は、薬剤師が面接で確認したい8つの労働条件｜元人事部長が職場選びを解説でまとめています。

人事側の経験｜残業時間だけでは転職理由を判断していなかった

採用・人事側の経験から

私が薬剤師採用に携わっていた範囲でも、残業が多いから転職したいという応募者はいました。

そのとき、残業が30時間だから多すぎる、10時間だから問題ない、と時間だけで判断することはしていませんでした。

どのような業務で残業が発生していたのか、勤務条件として何を変えたいのか、今回の応募先では同じ問題が起こらないかを確認する方が重要でした。

たとえば、毎月の勤務時間そのものを減らしたい人と、未払いの開局前業務をなくしたい人では、転職先へ求める条件が異なります。

これは私自身の採用・人事経験であり、すべての企業が同じ採用判断を行うという意味ではありません。

退職を決める前に整理したい5項目

残業が多いからすぐ辞める、少しでも辞めたいと思ったら今すぐ転職活動をする、と一律に決める必要はありません。

実際の労働時間はどの程度か
未払い・勤怠処理など法令上の問題が疑われるか
体調・睡眠・生活へどの程度影響しているか
現在の会社で改善できる余地があるか
他社へ移る場合、何を条件として変えたいか

健康上の懸念が強い場合や違法状態が疑われる場合は、社内改善を長く待つ必要はありません。一方、配属・シフト変更で解決できる問題であれば、転職しない選択肢もあります。

退職を決めた後の引き継ぎ・有給・返却物等は、次の記事で整理しています。

保存用｜残業・労働時間の最終確認シート

月45時間という一つの数字ではなく、制度・実態・給与・健康・次の行動を分けて確認します。

確認項目	○	不明	問題あり	次に確認すること
雇用契約上の所定労働時間を確認した
通常・1か月単位・1年単位など労働時間制度を確認した
所定外労働と法定時間外労働を分けた
36協定・特別条項の内容を確認した
開局前・閉局後業務が勤怠へ反映されている
休憩中の拘束・患者対応を確認した
自宅での必須研修・業務を確認した
固定残業代の金額・時間・超過分支給を確認した
給与明細と実際の労働時間を照合した
管理薬剤師・薬局長と管理監督者を混同していない
睡眠・疲労・体調への影響を確認した
社内調整・公的相談・転職のどれが必要か整理した

まとめ｜45時間だけで判断せず労働時間・健康・賃金を分けて確認する

薬剤師の残業が月45時間を超えている場合、無視してよい数字ではありません。

ただし、45時間を単純な危険ライン・退職ラインとして扱わないことが重要です。

36協定の限度時間は原則月45時間・年360時間だが、1年単位の変形労働時間制では原則月42時間・年320時間
特別条項がある場合にも年720時間、単月100時間未満等の上限がある
45時間は健康上の安全・危険が切り替わる境界線ではない
健康面では45時間を超えて長くなるほど脳・心臓疾患との関連性が徐々に強まるという評価がある
開局前・閉局後業務、待機、必須研修、自宅での指示業務も、使用者の指揮命令下なら労働時間になり得る
固定残業時間と実際の残業時間は同じではない
管理薬剤師・薬局長という肩書だけで管理監督者になるわけではなく、管理監督者でも深夜割増の規定は適用される
未払い残業額は年収だけから単純計算しない
労働基準監督署・総合労働相談コーナーへの相談を最終手段と決めつけない
転職する場合も求人の印象ではなく具体的な勤務条件を確認する

最初に行うのは、転職サイトへ登録することでも、会社を問題企業と決めつけることでもありません。

自分が実際に何時間働き、その時間がどう記録され、どう給与へ反映され、健康・生活へどのような影響が出ているのかを確認することです。

そのうえで、社内で改善できる問題なのか、公的相談が必要なのか、勤務先そのものを変える必要があるのかを判断してください。

参考にした公的資料

FAQ

残業が月45時間を超えたら違法ですか？: 45時間は36協定における時間外労働の原則的な限度時間ですが、1年単位の変形労働時間制では原則月42時間・年320時間です。また、臨時的な特別事情について特別条項付き36協定が適法に締結・届出されている場合は、別の法定上限内で原則限度を超えることがあります。自分に適用される労働時間制度・36協定を確認してください。
月45時間までは健康上問題ありませんか？: そのようにはいえません。厚生労働省の脳・心臓疾患の労災認定基準では、おおむね45時間を超えて時間外労働が長くなるほど業務と発症との関連性が徐々に強まると整理されていますが、45時間は健康上の安全を保証する境界線ではありません。体調・睡眠・勤務の不規則性等も含めて考える必要があります。
開局前の準備や閉局後の薬歴は残業になりますか？: 使用者の明示・黙示の指示の下で行う業務であれば労働時間に当たり得ます。反対に、本人が任意に早く来て私的な勉強をしている時間まで自動的に労働時間になるわけではありません。業務上の必要性と指揮命令の実態を確認してください。
休憩中に電話対応をしたら休憩全体が残業になりますか？: 一律にはいえません。ただし、電話等があれば直ちに対応するよう求められ、労働から離れることが保障されていない待機時間は労働時間に当たる可能性があります。実際にどの時間にどの程度拘束されていたかを確認します。
固定残業代30時間分と書いてあれば毎月30時間残業する会社ですか？: 固定残業時間は固定残業代の算定根拠であり、実際の時間外労働の見込み・実績とは別です。固定残業代の金額、対象時間数、超過分の追加支給、実際の残業時間をそれぞれ確認してください。
管理薬剤師なら残業代は出ないのですか？: 管理薬剤師という肩書だけでは決まりません。労働基準法上の管理監督者に該当するかは、職務内容、責任・権限、労働時間の裁量、待遇等の実態から判断されます。また、管理監督者に該当する場合でも、深夜労働に対する割増賃金の規定は適用除外されません。
残業代が支払われていないと思ったら、まず何をすればよいですか？: 雇用契約書、就業規則・賃金規程、給与明細、勤怠記録、シフト等を確認し、実際の労働時間と給与処理の差を整理します。労働基準法違反の疑いがある場合は、管轄の労働基準監督署へ相談できます。労働問題全般は総合労働相談コーナーも利用できます。
面接で残業時間を質問すると不採用になりますか？: そのような全国共通の採用基準はありません。勤務条件を確認することは入社後のミスマッチを防ぐために重要です。平均時間だけでなく、繁忙月、残業が発生する業務、休憩、固定残業代、欠員時の運用などを具体的に確認してください。

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確認項目	月	火	水	木	金	土・その他
出勤時刻
実際の業務開始
所定始業
実際に業務から離れた休憩
所定終業
最終業務終了
自宅での必須研修・業務